Nüsse und Ölsaaten (z.B. Leinsamen, Sesam) sind ein bevorzugter Nährboden für bestimmte Schimmelpilze, weshalb diese Produkte immer auf einen Gehalt an Aflatoxinen (Schimmelpilzgiften) untersucht werden. Schwerpunktmäßig wurden dabei in den letzten Jahren Pistazien beobachtet. Ferner wird auf ein Vorliegen der Schwermetalle Blei und Cadmium geprüft. Wegen ihres Fettgehaltes sind Nüsse und Ölsaaten anfällig für einen oxidativen Verderb, der zu ranzigem Geruch und Geschmack führt; hierbei wird insbesondere bei Walnüssen und Haselnüssen häufiger festgestellt, dass das Mindesthaltbarkeits- datum zu langfristig angegeben ist.